Μετά το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο η συρρικνωμένη ελληνική Κοινότητα της Βενετίας προικοδότησε το Ελληνικό Ινστιτούτο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών που θα ιδρυόταν στην πόλη των τεναγών με όλη την ακίνητη και κινητή περιουσία της, συμπεριλαμβανομένων των βιβλίων, του αρχείου, των χειρογράφων, των εικόνων και των άλλων κειμηλίων που είχε στην κατοχή της. Το Ελληνικό Ινστιτούτο, το μοναδικό ελληνικό ερευνητικό κέντρο στο εξωτερικό, ιδρύθηκε το 1951 με έδρα το μέγαρο της Φλαγγινείου Σχολής και άρχισε να λειτουργεί το 1958. Σκοπός του Ινστιτούτου είναι προαγωγή των βυζαντινών και μεταβυζαντινών σπουδών και ειδικότερα η μελέτη της ιστορίας του λατινοκρατούμενου ελληνισμού με βάση τα αρχεία της Ιταλίας, ιδιαίτερα αυτά της Βενετίας. Η έρευνα στα αρχεία και στις βιβλιοθήκες διεξάγεται κυρίως από έλληνες πτυχιούχους πανεπιστημίων, στους οποίους χορηγείται υποτροφία από την Ακαδημία Αθηνών μετά από εξετάσεις. Το Ινστιτούτο χορηγεί, επίσης, φιλοξενία σε έλληνες και ξένους ερευνητές των οποίων οι εργασίες εντάσσονται στα επιστημονικά ενδιαφέροντα του ιδρύματος. Στο περιοδικό του Ινστιτούτου «Θησαυρίσματα» δημοσιεύονται κάθε χρόνο οι καρποί των ερευνών των υποτρόφων και των φιλοξενουμένων, καθώς και μελετήματα επιστημόνων που ασχολούνται με την ιστορία των λατινοκρατούμενων ελληνικών περιοχών. Παράλληλα, έλληνες και ξένοι επιστήμονες δημοσιεύουν μονογραφίες στις εκδοτικές σειρές του Ινστιτούτου «Βιβλιοθήκη», «Ελληνολατινική Ανατολή», «Graecolatinitas Nostra. Πηγές», «Θωμάς Φλαγγίνης». Διευθυντές του Ινστιτούτου διετέλεσαν η Σοφία Αντωνιάδη (1955-1966), ο Μανούσος Μανούσακας (1966-1982), ο Νικόλαος Παναγιωτάκης (1989-1997) και η νυν διευθύντρια Χρύσα Μαλτέζου (Μάιος 1998).

Οι εικόνες που κληροδότησε η ελληνική Κοινότητα στο Ινστιτούτο της Βενετίας, φυλάσσονται στο Μουσείο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών εικόνων. Το Μουσείο στεγάζεται στον πρώτο όροφο της Scoletta, στο χώρο όπου ως τις αρχές του 20ού αιώνα λειτουργούσε το Νοσοκομείο της Αδελφότητας, και είναι μοναδικό στο είδος του καθώς περιλαμβάνει μερικά από τα αριστουργήματα των βυζαντινών και μεταβυζαντινών φορητών εικόνων. Στο Μουσείο εκτίθενται, επίσης, πολύτιμα χειρόγραφα και ένας πάπυρος του 6ου μ.Χ. αιώνα. Τη μουσειακή συλλογή συμπληρώνουν διάφορα κειμήλια, όπως άμφια, ζώνες και εγκόλπια μητροπολιτών Φιλαδελφείας και άλλων κληρικών, χρυσά και αργυρά αντικείμενα μικροτεχνίας καθώς και πατριαρχικά και δουκικά έγγραφα, με τα οποία είχαν επικυρωθεί τα προνόμια που κατά καιρούς είχαν παραχωρηθεί στην Αδελφότητα και την εκκλησία των Ελλήνων.

Το Ινστιτούτο διαθέτει πλουσιότατη σύγχρονη βιβλιοθήκη. Ο πυρήνας γύρω από τον οποίο οργανώθηκε είναι η λεγόμενη παλαιά βιβλιοθήκη, όσα δηλαδή βιβλία είχαν απομείνει από την πλούσια βιβλιοθήκη της Φλαγγινείου Σχολής. Επρόκειτο για 2000 περίπου βιβλία, τυπωμένα κυρίως στα ελληνικά τυπογραφεία της Βενετίας από το 16ο έως το 18ο αιώνα. Τα τελευταία πενήντα χρόνια αποκτήθηκαν περισσότερα από 25.000 βιβλία και παράλληλα πολυάριθμες σειρές ελληνικών και ξένων περιοδικών. Στη βιβλιοθήκη φυλάσσεται, επίσης, σημαντική συλλογή 46 χειρογράφων. Από αυτά τα 41 είναι ελληνικά, χρονολογημένα από το 13ο έως το 19ο αιώνα, 4 ιταλικά και 1 σλαβικό του 18ου αιώνα.

Το Αρχείο του Ελληνικού Ινστιτούτου Βενετίας συνιστά ένα από τα πολυτιμότερα πολιτιστικά αγαθά που απόκεινται στο ίδρυμα. Πρόκειται για αρχειακά τεκμήρια που χρονολογούνται από το 1498 έως το 1954 και αφορούν την ιστορία της ελληνικής Αδελφότητας στην πόλη των τεναγών αλλά και ολόκληρου του βενετοκρατούμενου ελληνισμού. Τα χίλια περίπου κατάστιχα, οι εκατοντάδες φάκελοι και τα λυτά έγγραφα φυλάσσονται, από τις αρχές του 17ου αιώνα μέχρι σήμερα, στο μικρό δωμάτιο (camerino) δίπλα στην επιβλητική Sala del Capitolo, όπου συνεδρίαζε άλλοτε η ακμαία Αδελφότητα. Το 1822 ο Κωνσταντίνος Καβάκος, έμπορος και πρόεδρος της Κοινότητας, συνέταξε το πρώτο ευρετήριο του Αρχείου (Inventario dell’archivio eretto nell’anno 1822). Δύο περίπου αιώνες μετά η νυν διευθύντρια του Ινστιτούτου, καθηγήτρια Χρύσα Μαλτέζου, ταξινόμησε και καταλογογράφησε συστηματικά εκ νέου όλο το πολύτιμο αρχειακό υλικό και συνέταξε νέο, εύχρηστο για τους ερευνητές, οδηγό του Αρχείου. Στο Αρχείο σώζονται έγγραφα που αφορούν: α) την οργάνωση και τη λειτουργία της Αδελφότητας και της Κοινότητας, μεταξύ των οποίων ο καταστατικός χάρτης του σωματείου (Mariegola), δουκικά γράμματα, μητρώα μελών, πρακτικά συνεδριάσεων και ευρετήρια κινητής περιουσίας, β) την εγκαθίδρυση, την οργάνωση και τη διοίκηση της εκκλησίας του αγίου Γεωργίου των Ελλήνων στη Βενετία, την ίδρυση της μητρόπολης Φιλαδελφείας και της μονής των Ελληνίδων, μεταξύ των οποίων πατριαρχικά γράμματα και παπικές βούλλες αλλά και κατάλοιπα ιερέων, γ) την εκπαιδευτική και φιλανθρωπική δραστηριότητα (εκπαιδευτήρια και νοσηλευτικά ιδρύματα που λειτούργησαν στα πλαίσια της Κοινότητας), δ) το οικοδομικό έργο, ε) την οικονομική διαχείριση (διαθήκες, δωρητήρια και έγγραφα διαχείρισης κληροδοτημάτων –μεταξύ αυτών και τα αρχεία εμπόρων που έζησαν και δραστηριοποιήθηκαν στη Βενετία–), στ) τα κατάλοιπα των λογίων Σπυρίδωνος και Ιωάννη Βελούδη, ζ) τα ληξιαρχικά βιβλία της ελληνικής Κοινότητας του Λιβόρνου (1760-1938), και άλλα.

Στα πλαίσια του προγράμματος «Ψηφιοποίηση, καταλογογράφηση και τεκμηρίωση του Αρχείου του Ελληνικού Ινστιτούτου Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών και ανάπτυξη πολυμεσικών πολιτιστικών και εκπαιδευτικών εφαρμογών» του Ε. Π. «Κοινωνία της Πληροφορίας (Μέτρο 1.3)» δημιουργήθηκε ο παρών διαδικτυακός τόπος, στον οποίο φιλοξενείται το υλικό που ψηφιοποιήθηκε από τα πολιτιστικά κειμήλια που φυλάσσονται στο Ελληνικό Ινστιτούτο. Από το πλούσιο αρχειακό υλικό ψηφιοποιήθηκαν 42 κατάστιχα (τμηματικά ή ολόκληρα), 209 λυτά έγγραφα και 7 χειρόγραφα. Από τις πολυάριθμες πάλι εικόνες της συλλογής του Ινστιτούτου ψηφιοποιήθηκαν 40. Μέσα από τα ψηφιοποιημένα πολιτιστικά αγαθά ο χρήστης του διαδικτυακού τόπου έχει τη δυνατότητα να γνωρίσει ποικίλες αρχειακές πηγές που χρονολογούνται από το 15ο έως και τον 20ό αιώνα. Οι εικόνες εξάλλου που ψηφιοποιήθηκαν παρέχουν στο χρήστη τη δυνατότητα να ταξιδέψει νοερά από το Βυζάντιο του 14ου αιώνα στη Βενετία και από την Κρήτη στην Κέρκυρα του 18ου αιώνα, κυρίως όμως να παρακολουθήσει τις εξελίξεις της τέχνης των κρητικών ζωγράφων από το 15ο έως και το 17ο αιώνα, αλλά και τις αισθητικές προτιμήσεις της τότε ελληνικής κοινωνίας.