Η κεντρική διοίκηση του ΕΚ "Αθηνά" ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση, με τον κ. Γιάννη Εμίρη στη θέση του Γενικού Διευθυντή. Ο σχεδιασμός, η λήψη και ο έλεγχος όλων των αποφάσεων που αφορούν την λειτουργία του ΕΚ "Αθηνά" έχει ανατεθεί στο Διοικητικό Συμβούλιο.
Σύμφωνα με την τελευταία ανασυγκρότησή του, το ΔΣ του ΕΚ "Αθηνά" αποτελείται από τα εξής μέλη:
 
  • Γιάννης Εμίρης, Γενικός Διευθυντής του ΕΚ "Αθηνά", ως Πρόεδρος
  • Βασίλης Κατσούρος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Επεξεργασίας του Λόγου (ΙΕΛ) του ΕΚ "Αθηνά", ως Αντιπρόεδρος
  • Χρυσόστομος Στύλιος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Βιομηχανικών Συστημάτων (ΙΝΒΙΣ) του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Μίνως Γαροφαλάκης, Διευθυντής του Ινστιτούτου Πληροφοριακών Συστημάτων (ΙΠΣΥ) του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Σταυρούλα Φωτεινέα, Εκπρόσωπος των Ερευνητών και Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος, με αναπληρωτή τον Γεώργιο Παυλίδη
  • Βασιλική Παναγοπούλου, Εκπρόσωπος του τακτικού Ειδικού Επιστημονικού – Τεχνικού - Διοικητικού Προσωπικού του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αναστάσιο Πατρικάκο