Η κεντρική διοίκηση του Αθηνά ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση, με τον κ. Γιάννη Εμίρη στη θέση του Γενικού Διευθυντή. Ο σχεδιασμός, η λήψη και ο έλεγχος όλων των αποφάσεων που αφορούν την λειτουργία του Αθηνά έχει ανατεθεί στο Διοικητικό Συμβούλιο.
Σύμφωνα με την τελευταία ανασυγκρότησή του, το Διοικητικό Συμβούλιο του Ερευνητικού Κέντρου Αθηνά αποτελείται από τα εξής μέλη:
- Γιάννης Εμίρης, Γενικός Διευθυντής του Ερευνητικού Κέντρου Αθηνά, ως Πρόεδρος
- Βασίλειος Κατσούρος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Επεξεργασίας του Λόγου (ΙΕΛ) του Ερευνητικού Κέντρου Αθηνά, ως Αντιπρόεδρος
- Χρυσόστομος Στύλιος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Βιομηχανικών Συστημάτων (ΙΝΒΙΣ) του Ερευνητικού Κέντρου Αθηνά, ως μέλος
- Μίνως Γαροφαλάκης, Διευθυντής του Ινστιτούτου Πληροφοριακών Συστημάτων (ΙΠΣΥ) του Ερευνητικού Κέντρου Αθηνά, ως μέλος
- Γεώργιος Παυλίδης, Εκπρόσωπος των Ερευνητών και Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων (ΕΛΕ) του ΕΚ Αθηνά, ως μέλος, με αναπληρώτρια τη Σταυρούλα (Ευίτα) Φωτεινέα
- Βασιλική Παναγοπούλου, Εκπρόσωπος του ειδικού επιστημονικού-τεχνικού, τεχνικού, διοικητικού και βοηθητικού προσωπικού του Ερευνητικού Κέντρου Αθηνά, ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αναστάσιο Πατρικάκο
Εκπρόσωπος του Υπουργείου Ανάπτυξης, ο οποίος μπορεί να παρίσταται χωρίς δικαίωμα ψήφου στις συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου του Αθηνά, ο Παναγιώτης Γρηγοράκος