Με σκοπό την ανάπτυξη της επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας στους τομείς των τεχνολογιών της πληροφορίας, της γνώσης και της επικοινωνίας, το "Αθηνά"  υλοποιεί και διαχειρίζεται έργα καινοτομίας που έχουν ως στόχο την παραγωγή αξιοποιήσιμων αποτελεσμάτων τόσο από την ερευνητική κοινότητα όσο και τη βιομηχανία, με βάση πολιτική ποιότητας. Για την διασφάλιση και επίτευξη των στόχων του το  "Αθηνά" καταρτίζει πίνακες κριτηρίων αριστείας για τη βέλτιστη επιλογή των έργων που αναλαμβάνει, ενώ αξιολογείται ανά πενταετία από την Γενική Γραμματεία Ερευνας και Τεχνολογίας με χρήση διεθνώς αποδεκτών δεικτών μέτρησης των ερευνητικών και τεχνολογικών του επιδόσεων.
 
Το "Αθηνά" απο το 2008 εφαρμόζει το Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας πιστοποιημένο με βάση το πρότυπο ISO9001:2008 (αριθμός πιστοποίησης 44 100 114503 TUV Nord και 041 08 0015 ΕΣΥΔ) για τα εξής πεδία:
 
Διαχείριση προγραμμάτων, μέτρων και δράσεων τελικού δικαιούχου επιχειρησιακών προγραμμάτων.
  • Σχεδιασμός και ωρίμανση έργων και προγραμμάτων, διενέργεια διαγωνισμών, ανάθεση συμβάσεων και επιλογή ωφελουμένων
  • Προγραμματισμός, υλοποίηση, παρακολούθηση, έλεγχος και πιστοποίηση του φυσικού και οικονομικού αντικειμένου έργων και προγραμμάτων
  • Διοίκηση έργων
  • Ανάπτυξη λογισμικού
  • Ανάπτυξη εκπαιδευτικού λογισμικού
  • Υπηρεσίες τρισδιάστατης ψηφιοποίησης πολιτιστικού αποθέματος
  • Διαχείριση πράξεων κρατικών ενισχύσεων (έρευνας, τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας) ως ενδιάμεσος φορέας διαχείρισης στο πλαίσιο του Εθνικού Στρατηγικού Πλαισίου Αναφοράς (ΕΣΠΑ)
Γραφείο Διαχείρισης Ποιότητας
Επιμελείται, αρχειοθετεί, διαχέει και ενημερώνει το Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας του Κέντρου, όπως απεικονίζεται στο σχετικό εγχειρίδιο. Σε συνεργασία με τους ανά Ινστιτούτο και Μονάδα Συνδέσμους Διαχείρισης Ποιότητας”, συντονίζει την πιστοποίηση του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας του Κέντρου σε διάφορα πρότυπα: ISO, Διαχειριστική Επάρκεια ΕΣΠΑ, ΕΛΟΤ κ.λ.π. Βασική του μέριμνα είναι να διαχειρίζεται και να εκτελεί όλες τις ενέργειες που απαιτούνται για την τήρηση του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας και την διαπίστωση τυχόν παρεκκλίσεων και μη συμμορφώσεων. Τέλος, ενημερώνει για τις παραπάνω ενέργειες τη Διοίκηση του Κέντρου και προτείνει ενέργειες βελτίωσης του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας και θεραπείας τυχόν προβλημάτων.
Πολιτική Ποιότητας 
Το  Ερευνητικό Κέντρο “Αθηνά", έχοντας ως σκοπό την ανάπτυξη της επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας στους τομείς των τεχνολογιών της πληροφορίας, της γνώσης και της επικοινωνίας, υλοποιεί και διαχειρίζεται έργα καινοτομίας που έχουν ως στόχο την παραγωγή αξιοποιήσιμων αποτελεσμάτων τόσο από την ερευνητική κοινότητα όσο και τη βιομηχανία.
Για την επίτευξη των σκοπών αυτών το Ερευνητικό Κέντρο “Αθηνά":
  • Αναπτύσσει καινοτομικές προσεγγίσεις των Τεχνολογιών της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας (ΤΠΕ) σε μορφή εργαστηριακών και βιομηχανικών πρωτοτύπων και συνεργάζεται με επιχειρήσεις για την εμπορική αξιοποίηση των πρωτοτύπων.
  • Προσαρμόζει τεχνολογίες στις ανάγκες των επιχειρήσεων και υπηρεσιών του Δημοσίου και παρακολουθεί και μελετά τις εξελίξεις των ΤΠΕ και τη διείσδυσή τους στον ιδιωτικό και δημόσιο τομέα.
  • Προτείνει λύσεις που συνδυάζουν διάφορες ΤΠΕ και οδηγούν σε νέες προσεγγίσεις υπηρεσιών για λογαριασμό επιχειρήσεων, οργανισμών και άλλων χρηστών.
  • Δημιουργεί τις προϋποθέσεις για την ανάπτυξη προϊόντων και υπηρεσιών με ΤΠΕ με δημιουργία υποδομών, υλικού, λογισμικού και περιεχομένου πληροφορίας σε ηλεκτρονική μορφή κλπ.
  • Ειδικεύει και καταρτίζει επιστήμονες και τεχνικούς στους παραπάνω τομείς με την οργάνωση και τη χρηματοδότηση ερευνητικών προγραμμάτων, μεταπτυχιακών σεμιναρίων, δημοσιεύσεων, εκδόσεων, σεμιναρίων και συνεδρίων.
  • Παρέχει εξειδικευμένες τεχνικές υπηρεσίες, ανάληψη και διεκπεραίωση τεχνικοοικονομικών μελετών και μελετών σκοπιμότητας, στις προαναφερθείσες περιοχές ώστε να διασφαλίζεται η εμπορική αξιοποίηση των αποτελεσμάτων των ερευνητικών έργων.
  • Συνεργάζεται με ΑΕΙ, ΤΕΙ, ερευνητικά ινστιτούτα και εταιρίες με οποιαδήποτε μορφή και τύπο ή συμμετέχει με αυτά σε ενώσεις, κοινοπραξίες κλπ. και δύναται να ιδρύει ή να συμμετέχει στην ίδρυση εταιριών (τεχνοβλαστών) που θα έχουν ως σκοπό την πραγμάτωση της αποστολής και την επίτευξη των στόχων του Κέντρου.
Για τη διασφάλιση των παραπάνω, το Ερευνητικό Κέντρο "Αθηνά" καταρτίζει πίνακες κριτηρίων αριστείας για τη βέλτιστη επιλογή των έργων που αναλαμβάνει, ενώ αξιολογείται ανά πενταετία από την Γενική Γραμματεία Ερευνας και Καινοτομίας με χρήση διεθνώς αποδεκτών δεικτών μέτρησης των ερευνητικών και τεχνολογικών του επιδόσεων.