News

Διαδικτυακά σεμινάρια: Τα διαδικτυακά σεμινάρια πραγματοποιούνται στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του Εθνικού Κόμβου Ανοικτής Πρόσβασης OpenAIRE, του Εθνικού Κόμβου RDA και του ELIXIR-Greece. Το πρώτο σεμινάριο, ανέδειξε την ανάγκη για ενίσχυση της επικοινωνίας και των συνεργασιών μεταξύ εθνικών φορέων, καθώς και για εμβάθυνση των συζητήσεων σε περισσότερες επιστημονικές διαστάσεις και πεδία στην έρευνα του κορωνοϊού. Ο Νοέμβριος σηματοδότησε την έναρξη του δεύτερου κύκλου των ενημερωτικών και εκπαιδευτικών διαδικτυακών σεμιναρίων, με τη διεξαγωγή διημερίδας για τις τελευταίες εθνικές εξελίξεις σε επιστημονικά εργαλεία και καλές πρακτικές έρευνας. Αξίζει να σημειωθεί ότι ο δεύτερος κύκλος εστιάζει, επιπλέον, στην εκπαίδευση σε θέματα διαχείρισης ερευνητικών δεδομένων και ανάπτυξης ερευνητικού λογισμικού. Ενδεικτικές θεματικές περιοχές είναι οι εξής:

• ενημέρωση για την τρέχουσα κατάσταση στην Ελλάδα, όπως για παράδειγμα η εξέλιξη της Εμβληματικής Δράσης ή εθνικά επιτεύγματα σε κλινικές μελέτες κ.λπ.

• παροχή κατευθυντήριων γραμμών στους ερευνητές για την εφαρμογή καλών πρακτικών Ανοικτής Επιστήμης, όπως μέσα από την εφαρμογή των Ειδικών Οδηγιών του Ορίζοντα 2020 για την ανοικτή πρόσβαση και τη διαχείριση ερευνητικών δεδομένων.

χρήση εργαλείων και υπηρεσιών επεξεργασίας και ανάλυσης ερευνητικών δεδομένων, ανάπτυξης και διαχείρισης ανοικτού λογισμικού, όπως το Argos, το OpenRefine, η εφαρμογή Galaxy κ.ά.

Νοέμβριος 2020: Τα ηλεκτρονικά σεμινάρια πραγματοποιήθηκαν σε συνεργασία με σημαντικούς επιστημονικούς φορείς, και υποστηρίχθηκαν από παρουσιάσεις για το έργο και τα επιτεύγματά τους, από τοποθετήσεις στις συζητήσεις και από την επικοινωνία τυχόν προκλήσεων με την υπόλοιπη ερευνητική και ακαδημαϊκή κοινότητα. Συγκεκριμένα, οι συμμετέχοντες επιστημονικοί φορείς είναι οι ακόλουθοι: Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης, Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ, Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών “Αλέξανδρος Φλέμιγκ”, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών, Ακαδημίας Αθηνών, Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας, Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών, και η ερευνητική υποδομή Inspired-RIs.

Οι παρουσιάσεις επικεντρώθηκαν στην περιγραφή των ροών εργασίας και των ερευνητικών αποτελεσμάτων στα επιστημονικά πεδία της δομικής βιολογίας, βιοϊατρικής, βιοπληροφορικής, καθώς και στην ανάλυση συμπερασμάτων που προέρχονται από κλινικές μελέτες. Επίσης, η επιστημονική κοινότητα ενημερώθηκε για καλές πρακτικές και εργαλεία  για την παραγωγή και το διαμοιρασμό ερευνητικών δεδομένων, λογισμικού και επιστημονικών δημοσιεύσεων, σύμφωνα με το παγκόσμιο κάλεσμα για την εφαρμογή της Ανοικτής Επιστήμης.

Συμπεράσματα: Οι εκδηλώσεις υπογράμμισαν εθνικά επιτεύγματα και τομείς στους οποίους διαπρέπει / διακρίνεται η Ελληνική επιστημονική κοινότητα, όπως είναι η Εμβληματική Δράση. Επίσης, έφεραν στο φως προκλήσεις που αντιμετωπίζουν οι ερευνητές κατά τη διεξαγωγή της έρευνάς τους, κυρίως όσον αφορά τα ερευνητικά δεδομένα. Από τις παρουσιάσεις και τις συζητήσεις, προέκυψαν τρία βασικά σημεία τα οποία χρήζουν περαιτέρω εξέτασης, βελτίωσης και ενίσχυσης από εθνικούς δημόσιους φορείς.

1. Έγκαιρη και Ανοικτή Πρόσβαση σε κλινικά και πρωτογενή ιατρικά δεδομένα. 

Οι επιστήμονες τόνισαν τη σημασία της άμεσης διάθεσης και πρόσβασης των ερευνητικών ινστιτούτων και εργαστηρίων σε ερευνητικά δεδομένα, προκειμένου να επιταχυνθούν σημαντικές διαδικασίες, όπως είναι η μοντελοποίηση και η ιχνηλάτηση του ιού. Επίσης, αναφέρθηκε το παράδειγμα της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στη χρήση παγκόσμιων προτύπων και μεθόδων, όπως είναι η ανωνυμοποίηση, για την προστασία των ευαίσθητων και προσωπικών δεδομένων των ασθενών κατά τα στάδια επεξεργασίας και διαμοιρασμού δεδομένων, σε συμφωνία με αντίστοιχες ισχύουσες εθνικές πολιτικές και κανονισμούς.

2. Εκπαίδευση και Ανάπτυξη Δεξιοτήτων σε καλές πρακτικές και εργαλεία διαχείρισης ερευνητικών δεδομένων για προσωπικό κλινικών εργαστηρίων και επαγγελματίες υγείας. 

Από τις συζητήσεις προέκυψε ότι το προσωπικό κλινικών εργαστηρίων και οι επαγγελματίες υγείας εκλείπουν από την εξίσωση της Ανοικτής Επιστήμης, πιθανόν λόγω έλλειψης χρόνου (τη δεδομένη στιγμή της πανδημίας) ή/και ανεπάρκειας προσωπικού σε κλινικές και εργαστήρια. Ακόμη, η τεχνογνωσία και ο πλούτος υπηρεσιών διαχείρισης δεδομένων (π.χ. η Ελληνική Υπηρεσία Δεδομένων - HELIX ή το αποθετήριο HARDMIN, τα εργαλεία του ELIXIR-GR, κλπ) που παρέχονται από ερευνητικά κέντρα, ερευνητικές υποδομές και ακαδημαϊκές βιβλιοθήκες, μπορούν να διαδραματίσουν κεντρικό ρόλο στη διαδικασία εκπαίδευσης ιατρικού προσωπικού και φοιτητών. Η εκπαίδευση στη χρήση αυτών των υπηρεσιών θα οδηγήσει στην απόκτηση και εφαρμογή πρακτικών και τεχνικών Ανοικτής Επιστήμης στις καθημερινές τους δραστηριότητες.

3. Πολιτικές για διαχείριση και διαμοιρασμό δεδομένων.

Από τα παραπάνω, διαφαίνεται πως οι προκλήσεις θα μπορούσαν να αντιμετωπιστούν πιο αποτελεσματικά εάν ακολουθηθεί μια κεντρικοποιημένη προσέγγιση, όπως για παράδειγμα μία εθνική πολιτική για τη Διαχείριση Ερευνητικών Δεδομένων. Κάτι τέτοιο, θα ενίσχυε την αποτελεσματικότητα και την ανταγωνιστικότητα της έρευνας έντασης δεδομένων, ενώ παράλληλα θα είχε θετικό αντίκτυπο και μακροπρόθεσμη επίδραση στην άμεση ανταπόκριση του εθνικού συστήματος έρευνας και καινοτομίας σε φυσικούς κινδύνους, όπως είναι μία πανδημία. Με αυτόν τον τρόπο, τα ερευνητικά κέντρα, τα νοσοκομεία και τα Πανεπιστήμια, υποστηρίζονται στη βέλτιστη εφαρμογή πρακτικών, ενώ παράλληλα ευθυγραμμίζουν πρακτικές υιοθέτησης και υλοποίησης πολιτικών. Σημείο αναφοράς για αυτό το εγχείρημα χαρακτηρίστηκε η συλλογική πρόταση έντεκα εθνικών Ακαδημαϊκών και Ερευνητικών οργανισμών και είκοσι έξι εθνικών υποδομών και πρωτοβουλιών για τη σύσταση Εθνικής Στρατηγικής Ανοικτής Επιστήμης για την Ελλάδα.

Προσεχώς: Τα σεμινάρια συνεχίζονται τον Δεκέμβριο, με έμφαση στην υπολογιστική ανάλυση και στη διαχείριση ερευνητικών δεδομένων. Στις αρχές του μήνα, το  ELIXIR-GR θα προσφέρει ένα εκπαιδευτικό σεμινάριο με σκοπό την εξοικείωση των ερευνητών με την υπηρεσία Galaxy. Ακόμη, η χρήση του Argos, ενός εργαλείου Σχεδίων Διαχείρισης Δεδομένων που παρέχεται από το OpenAIRE, θα εξεταστεί περί τα μέσα του Δεκεμβρίου. 

Στο μικροσκόπιο: Ο καθ. Γιάννης Ιωαννίδης, Πρόεδρος και Γενικός Διευθυντής του Ερευνητικού Κέντρου “Αθηνά”, καλωσόρισε τους ομιλητές και συμμετέχοντες στην διημερίδα. Η παρέμβασή του υπογράμμισε τη σημαντικότητα ενδυνάμωσης της επικοινωνίας και των συνεργασιών της επιστημονικής κοινότητας για την έγκαιρη και αποτελεσματική αντιμετώπιση των αναδυόμενων προκλήσεων λόγω της πανδημίας του κορωνοϊού.

Την Πέμπτη 5 Νοεμβρίου, οι παρουσιάσεις κάλυψαν καίρια θέματα, όπως είναι η Ανοικτή Επιστήμη, Δομική Βιολογία, Βιοϊατρική. Η ένταξη της έρευνας σχετικά με τον COVID-19 στο πλαίσιο δράσης της Ανοικτής Επιστήμης, ανέδειξε τη στροφή προς την ανοικτή πρόσβαση και τη διαχείριση δεδομένων που αναγνωρίζονται πλέον ως αναπόσπαστα μέρη της επιστημονικής πρακτικής σε παγκόσμιο επίπεδο. Οι παρουσιάσεις, επίσης, ενημέρωσαν για τις τελευταίες εξελίξεις και τα αποτελέσματα που λαμβάνουν χώρα στην Εμβληματική Δράση για τον COVID-19 που συντονίζεται από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας (ΓΓΕΤ). Παράλληλα, οι συμμετέχοντες ενημερώθηκαν για ερευνητικές μεθόδους και ροές εργασίας, εργαλεία και υπηρεσίες που υποστηρίζουν τις ανάγκες ενός πλήθους επιστημονικών πεδίων.

• Έλλη Παπαδοπούλου, Ερευνητικό Κέντρο “Αθηνά” & Εθνικός Κόμβος OpenAIRE: πληροφορίες για εργαλεία που διευκολύνουν την παραγωγή και διάχυση της επιστημονικής γνώσης, όπως είναι το BIP! Finder for COVID-19 για διερεύνηση βιβλιογραφίας. Συμβολή του OpenAIRE στην υποστήριξη πρακτικών Ανοικτής Επιστήμης μέσα από εργαλεία, όπως το Argos για δημιουργία Σχεδίων Διαχείρισης Δεδομένων και το Amnesia για ανωνυμοποίηση δεδομένων.

• Γιάννης Τσάκωνας, Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών: δραστηριότητες του ΣΕΑΒ για ενίσχυση της επιστημονικής επικοινώνησης και παρουσίαση των συμπερασμάτων έρευνας σχετικά με την ελληνική επιστημονική παραγωγή και διάχυση των αποτελεσμάτων.

• Κωνσταντίνος Πουλάς, Πανεπιστήμιο Πατρών & Ερευνητική Υποδομή Δομικής Βιολογίας INSPIRE: μελέτη για τη σχέση του ιού SARS-CoV-2 με το νικοτικό χολινεργικό σύστημα ώστε να εκτιμηθεί ο ρόλος της νικοτίνης στη μόλυνση του κορωνοϊού.

• Δημήτρης Θάνος, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών, Ακαδημίας Αθηνών: περιγραφή των δραστηριοτήτων του ιδρύματος για τη διάγνωση του ιού, για τα εργαλεία ανάλυσης ερευνητικών δεδομένων, με ιδιαίτερη αναφορά στην Εμβληματική Δράση για την αντιμετώπιση του ιού SARS-CoV.

• Τιμοκράτης Καραμήτρος, Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ: πληροφορίες για την άμεση απόκριση του Ινστιτούτου στο ξέσπασμα της πανδημίας προσφέροντας τα εργαστήριά του στη μελέτη και ανάλυση COVID-19 δειγμάτων.

Οι κλινικές μελέτες, οι Επιστήμες Ζωής και η Ανοικτή Επιστήμη απασχόλησαν το ενδιαφέρον της δεύτερης μέρας των εκδηλώσεων (Παρασκευή 6 Νοεμβρίου). Συγκεκριμένα, παρουσιάστηκαν ποικίλες επιδημιολογικές ερευνητικές προσπάθειες, ενώ παράλληλα σχολιάστηκαν οι προκλήσεις - και τυχόν ελλείψεις - που συνάντησαν οι επιστήμονες κατά τη διάρκεια των ερευνητικών τους προσπαθειών. Επιπλέον, αναλύθηκαν εργαλεία που υποστηρίζουν την έρευνα γύρω από τον COVID-19, καθώς και καινοτόμες λύσεις που έχουν εφαρμοστεί από ερευνητικές υποδομές και ινστιτούτα. Οι τελευταίες παρουσιάσεις επικεντρώθηκαν στο διαμοιρασμό καλών πρακτικών για διαχείριση δεδομένων και λογισμικού. Ακόμη, υπογραμμίστηκε η έγκαιρη συνεργατική απόκριση και συνεισφορά της παγκόσμιας επιστημονικής κοινότητας για την Ανοικτή Επιστήμη.

• Νικόλαος Πανταζής, Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών: σύνοψη των κλινικών δοκιμών στις οποίες συμμετέχει το Πανεπιστήμιο, όπως η Πολυκεντρική Κλινική Δοκιμή για την αποτελεσματικότητα της ρεμδεσιβίρης ως θεραπευτικό μέσο για τον ιό SARS-CoV-2. 

• Νεκτάριος Ταβερναράκης, Ινστιτούτο Έρευνας και Τεχνολογίας: ανάπτυξη καινοτόμων υπηρεσιών και εργαλείων (π.χ. φορητές συσκευές για μοριακά τεστ) και συμβολή των θυγατρικών εταιρειών του ΙΤΕ.

• Martin Reczko, ELIXIR-GR: πόροι που προσφέρονται από την ερευνητική υποδομή ELIXIR για χρήση στην έρευνα του COVID-19, όπως η υπηρεσία Galaxy για ανάλυση δεδομένων στη βάση της υπολογιστικής βιοϊατρικής.

• Ζωή Κούρνια, Παγκόσμια Πρωτοβουλία για τα Ερευνητικά Δεδομένα - RDA: Οδηγίες και Προτάσεις του RDA για την έρευνα του COVID-19 και για το διαμοιρασμό δεδομένων που παρήχθησαν από Ομάδες Εργασίας. Επίσης, έγινε αναφορά στο ευρωπαϊκό έργο NI4OS-Europe, το οποίο δημιούργησε κανάλι ταχείας πρόσβασης σε υπηρεσίες και εργαλεία που προσφέρονται από τα μέλη του.

• Φώτης Ψωμόπουλος, Εθνικό Κέντρο Έρευνας & Τεχνολογικής Ανάπτυξης: εστίαση στη σημαντικότητα του ερευνητικού ανοικτού λογισμικού.

Ερωτήσεις - Απαντήσεις: Όπως προέκυψε από τη διημερίδα, τα δύο βασικά ζητήματα που απασχολούν την επιστημονική κοινότητα είναι η διαθεσιμότητα και η προσβασιμότητα στα ερευνητικά δεδομένα. Οι περισσότεροι ομιλητές και συμμετέχοντες εξέφρασαν τις απόψεις τους σχετικά με την ανοικτή πρόσβαση σε ερευνητικά δεδομένα και τόνισαν τα σημεία εκείνα που χρήζουν ενίσχυσης και υποστήριξης. Επίσης, αποσαφηνίστηκαν διαδικασίες δημοσίευσης σε ανοικτή πρόσβαση, με έμφαση στην ομότιμη κρίση, για τον εξορθολογισμό και την αποφυγή παρερμηνεύσεων. Οι συζητήσεις ανέδειξαν την ανάγκη να συμπεριληφθούν περισσότεροι ιατροί και επαγγελματίες υγείας σε αυτή τη σειρά σεμιναρίων για τον COVID-19. Όλοι οι ομιλητές αλλά και οι συμμετέχοντες κλήθηκαν να συνεισφέρουν στη διάχυση των διαδικτυακών σεμιναρίων μέσα από τα διάφορα κανάλια επικοινωνίας που διαθέτουν.

Μπορείτε να βρείτε τις βιντεοσκοπήσεις και τις παρουσιάσεις εδώ.

Για περισσότερες πληροφορίες και επικοινωνία με το OpenAIRE στην Ελλάδα: openaire@athenarc.gr 

Διαδικτυακό Σεμινάριο Απριλίου - Εργαλεία, δραστηριότητες, καλές πρακτικές και σημεία επαφής στην Ελλάδα