Αποστολή του ΙΠΣΥ είναι η διεξαγωγή πρωτοποριακής επιστημονικής έρευνας και η αξιοποίηση των ερευνητικών αποτελεσμάτων για την ανάπτυξη νέων τεχνολογιών, πρωτοτύπων, εφαρμογών και προϊόντων στους τομείς εξειδίκευσής του, που περιλαμβάνουν την διαχείριση πληροφοριών και γνώσης, τα συστήματα πληροφοριών και τις εφαρμογές μεγάλης κλίμακας, τις βάσεις δεδομένων και τα συστήματα διαχείρισης Μεγάλων Δεδομένων (Big Data), τις πλατφόρμες και υπηρεσίες υπολογιστικού νέφους (cloud-based), τις τεχνολογίες Μηχανικής Μάθησης και εξαγωγής γνώσης, καθώς και την ψηφιακή διαχείριση δεδομένων.  
Για τον σκοπό αυτό, το ΙΠΣΥ έχει συγκεντρώσει μια ομάδα διεθνώς αναγνωρισμένων επιστημόνων από ένα ευρύ φάσμα σχετικών επιστημονικών πεδίων σε ένα περιβάλλον που προάγει την αριστεία στην έρευνα, τη συνεργασία και τη διεπιστημονικότητα. 
 
Συγκεκριμένα, η αποστολή του ΙΠΣΥ περιλαμβάνει: 
 
  • Έρευνα και ανάπτυξη σε προηγμένα συστήματα πληροφορικής και πληροφοριών,  με στοχευμένες εφαρμογές στη βιομηχανία, την κοινωνία και την πραγματική οικονομία. 
  • Υλοποίηση έργων έρευνας και ανάπτυξης μεγάλης κλίμακας, στον τομέα των τεχνολογιών πληροφοριακών συστημάτων, σε συνεργασία με ακαδημαϊκούς, ερευνητικούς και βιομηχανικούς εταίρους. 
  • Συνεργασία με την ακαδημαϊκή κοινότητα σε δραστηριότητες σχετικές με την έρευνα, την εκπαίδευση και τη μεταφορά γνώσης και αποτελεσμάτων στη βιομηχανία λογισμικού και πληροφοριακών συστημάτων. 
  • Ανάπτυξη πειραματικών και βιομηχανικών πρωτοτύπων πληροφοριακών συστημάτων, καθώς και καινοτόμων προϊόντων και υπηρεσιών, σε συνεργασία με βιομηχανικούς εταίρους. 
  • Σχεδιασμό, ανάπτυξη, λειτουργία, συντήρηση, υποστήριξη και εξέλιξη καινοτόμων υποδομών για την αποθήκευση και ανάλυση δεδομένων σε διάφορους τομείς εφαρμογών (π.χ. βιοπληροφορική, ιατρική ακριβείας, φυσικές επιστήμες). 
  • Υποστήριξη διεθνών ερευνητικών και ακαδημαϊκών δράσεων στην επιστήμη των υπολογιστών, μέσω ανταγωνιστικών ερευνητικών προγραμμάτων και συμφώνων συνεργασίας με ακαδημαϊκούς και βιομηχανικούς εταίρους. 
  • Μεταφορά και αξιοποίηση πρωτοποριακών ερευνητικών αποτελεσμάτων και τεχνολογιών στη βιομηχανία, μέσω της ανάπτυξης καινοτόμων προϊόντων και υπηρεσιών, καθώς και της ίδρυσης τεχνοβλαστών (spin-offs). 
  • Υποστήριξη του δημόσιου τομέα στην Ελλάδα για την ανάπτυξη καινοτόμων τεχνολογικών λύσεων, με έμφαση στην αξιοποίηση των Μεγάλων Δεδομένων και των ψηφιακών υπηρεσιών, για τη βελτίωση των διαδικασιών και υπηρεσιών που προσφέρονται στην κοινωνία. 
Το ΙΠΣΥ αποτελεί σημείο αναφοράς και πόλο έλξης για υψηλά καταρτισμένους επιστήμονες και φοιτητές που δραστηριοποιούνται στους τομείς των πληροφοριακών συστημάτων, των βάσεων δεδομένων και των τεχνολογιών Μεγάλων Δεδομένων, αλλά και για τον δυναμικό ιδιωτικό τομέα των τεχνολογιών πληροφορικής, τόσο σε εθνικό όσο και σε Ευρωπαϊκό επίπεδο.
 
Το Ινστιτούτο επιδιώκει συνεχώς να συμμετέχει σε καινοτόμες και διεθνώς ανταγωνιστικές ερευνητικές δραστηριότητες, συνδυάζοντας επιτυχώς βασική και εφαρμοσμένη έρευνα, να αναζητά συνεργασίες με ερευνητικές ομάδες που διαθέτουν εξειδίκευση συμπληρωματική προς στους τομείς ενδιαφέροντός του, και να συμβαδίζουν οι δραστηριοτήτές του με τις κοινωνικές ανάγκες και τις εξελίξεις στη βιομηχανία.