Ο Διευθυντής του ΙΕΛ / Ε.Κ. «Αθηνά» προΐσταται των υπηρεσιών του Ινστιτούτου και είναι αρμόδιος για την σύνταξη του ερευνητικού και αναπτυξιακού προγράμματος, την κατάρτιση του προϋπολογισμού, απολογισμού, ισολογισμού και την σχετική εισήγηση στο Δ.Σ. του Ε.Κ. «Αθηνά», καθώς και την προώθηση της εφαρμογής και παραγωγικής αξιοποίησης των αποτελεσμάτων της έρευνας ή την αξιοποίησή τους από όργανα λήψης αποφάσεων στο δημόσιο και ιδιωτικό τομέα.
Διευθυντής: Κατσούρος Βασίλης
Επιστημονικό Συμβούλιο Ινστιτούτου: Στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του ο Διευθυντής Ινστιτούτου επικουρείται από το αντίστοιχο Επιστημονικό Συμβούλιο Ινστιτούτου (ΕΣΙ), το οποίο αποτελείται από πέντε (5) μέλη. Τα μέλη του ΕΣΙ εκλέγονται με μυστική ψηφοφορία και η θητεία τους είναι διετής.